母系鉴定是指祖母与孙女之间，同胞姐妹之间等同一母系的亲缘关系鉴定。母系鉴定可采用X-STR检测或线粒体DNA测序。

　　X染色体上的遗传学标志可以作为其他DNA遗传标记的补充，用于法医学的个体识别和亲子鉴定。X染色体STR基因座具有一些常染色体遗传标记无法比拟的优势，可解决一些特殊的亲子鉴定，如：缺乏双亲的同父异母姐妹亲缘关系鉴定、涉及父女关系的单亲亲权鉴定、涉及母子关系的单亲亲权鉴定、涉及祖母孙女关系的隔代亲缘关系鉴定等。另外，X-STR可用于法医学上的性别鉴定和混合斑鉴定。男性个体在X染色体上的每一个基因座只有一个等位基因，女性个体则有两个等位基因。在强奸案件鉴定中，若在X染色体上的单个STR基因座上检测到两个以上的等位基因，说明检材可能是混合斑。采用DXS8378、HPRTB、DXS7132、DXS10134、DXS10074、DXS10101、DXS10135、DXS10103、DXS101046、DXS10079、DXS10146共12个X-STR基因座进行分型（德国的Mentype ArgusX-12试剂盒）。

　　人类线粒体DNA（mtDNA）是唯一存在于细胞核外的DNA，其在个体之间存在大量的序列差异，这些差异主要存在于线粒体控制区（非编码区）的D-环附近。线粒体DNA属母系遗传，同一个体的生物学检材其mtDNA的D-环区序列相同，对其HV-I（15996-16401号碱基）和HV-II（29-408号碱基）测序并与Anderson标准序列进行比对，可以鉴定不同个体的检材是否来源于同一母系。

基因图谱